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1〜5日の潜伏期があり（ほとんどが3日以内）、その後1〜2日の発熱とともに、全身倦怠感、下痢、腹痛、しぶり腹（少量しか便が出ないが頻繁に便意を催す状態）、膿粘血便──が見られます。
A群以外は重症例が少なく、軽い下痢や軟便、微熱のみで経過するケースも少なくありません。血便や合併症をみることはほとんどなく、1週間程度で回復しています。近年は、軽症下痢あるいは無症状で経過する例もあります。ただし、小児と高齢者は重症化しやすいので注意が必要です。
成人の場合は、ニューキノロン系、小児はホスホマイシンといった抗菌薬を、5日間内服します。生菌整腸薬を併用しますが、強力な下痢止めは使用しません。脱水があれば補液（水分補給）を行います。
治療終了後48時間以降に、24時間以上の間隔で2回糞便検査を行い、培養が2回とも陰性なら除菌されたと見なされます。この状態まで回復すれば他人に感染させることはないと考えていいでしょう。
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